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mmp和emt

发布时间：2023-04-19 07:19:28 稿源：创意岭阅读： 110

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本文目录:

1、单细胞转录组分析揭示人肺纤维化病理机制
2、与皮肤衰老过程相关的一种叫做MMP的酶应该怎么翻译？
3、结合自己掌握的知识，请分析肿瘤发生和转移可能与哪些基因相关，并请列举与四类肿瘤发生和转移相关的基因
4、mmp触笔协议和n-trig的关系

mmp和emt

一、单细胞转录组分析揭示人肺纤维化病理机制

Single-Cell Transcriptomic Analysis of Human Lung Provides Insights into the Pathobiology of Pulmonary Fibrosis

肺纤维化发病原因不明，带来了很大的社会经济负担。采用新技术揭示肺纤维化的分子机制对肺纤维化的精准诊断和治疗具有重要意义。使用全部肺组织的转录组分析将掩盖不同细胞群体变化的影响；而基于流式分选的细胞群体分析则需要事先对要研究的细胞marker有一些了解。单细胞测序技术能够克服以上研究技术的缺点，对已知和未知的细胞群体进行研究。

对纤维化肺样本和健康肺样本进行了单细胞测序分析。发现在纤维化样本中一群特异的肺泡巨噬细胞可能与肺纤维化有关；与Wnt分泌和应答有关的基因主要在nonoverlapping细胞中表达；鉴定到稀有的气道干细胞和衰老细胞在肺纤维化过程中出现（结果部分明明说没有鉴定到？？）。

对8例受体和 8例供体的肺样本进行scRNA测序分析，鉴定到各种细胞类群。分别在巨噬细胞、AT II 细胞、成纤维细胞中，对供体 VS 受体的细胞进行了差异表达和GO、GSEA通路分析；另外在bulk测序数据中，对纤维化 VS 对照组进行差异表达与通路分析。发现了一些与纤维化有关的细胞类型特异性生物过程和通路，另外发现纤维化细胞群在Comparative Toxicogenomics Database Pulmonary Fibrosis Gene Set 上存在显著富集。

动物模型的研究显示，肺纤维化可能与Notch、Wnt、EMT通路在肺部的异常激活有关。我们分析了这些通路中相关基因在不同细胞中的表达情况，结果发现（这部分感觉没什么结果，不知道作者绕来绕去究竟想说啥）。

对每个样本的测序数据进行聚类和注释，而不是CCA整合分析（作者认为CCA分析会抹掉individual populations内部的异质性？？？），结果一共发现22种不同的细胞类型，比原来CCA整合分析多出来8种。

之前的动物模型研究显示，在肺纤维化组织中存在组织驻留型的巨噬细胞与单核衍生的促纤维化的巨噬细胞（ref 34，35）。我们把各个样本中的巨噬细胞放在一块进行聚类分析鉴定到4群巨噬细胞，其中C0为组织驻留巨噬细胞，表达MARCO、PPARG、MRC1； C1和C2主要来自于肺纤维化样本，高表达基因CHI3L1, MARCKS, IL1RN，PLA2G7，MMP9，SPP1，这些基因也在Pulmonary Fibrosis Gene Set中，应当与肺纤维化的发生有关。

同样的方法发现一群在肺纤维化样本中特异的AT II细胞，高表达一些与肺纤维化和免疫调控有关的基因（DMBT1，SERPINA1，CHI3L1）。之后采用原位RNA杂交对SPP1+巨噬细胞和CHI3L1+ AT II细胞进行了验证。

分析数据发现，表达WNT配体与靶标的细胞存在很少的重叠，且表达不同WNT配体的细胞也不重叠（所以是想说明啥？）。

前人研究显示在肺泡损伤之后AT II 细胞有一类亚群高表达AXIN2，具有兼性祖细胞特性，与组织修复有关。然而在本研究的数据中未鉴定到这群细胞，暗示AT II 细胞可能是一个比较纯粹的群体。

衰老与一些特征性基因表达的变化有关，包括P16，P21，P53的诱导，减缓了细胞周期同时促进对细胞凋亡的抵抗；衰老同样导致相关分泌蛋白的表达，包括胰岛素样生长因子结合蛋白，白介素，TGF-β，纤溶酶原激活物抑制剂等。本研究中没有鉴定到表达衰老相关基因（CDKN2A，GLB1，SERPINE1，IL6）的特定细胞群。

二、与皮肤衰老过程相关的一种叫做MMP的酶应该怎么翻译？

基质金属蛋白酶(MMP)

基质金属蛋白酶 (matrix metalloproteinases,MMPs)

基质金属蛋白酶是一个大家族，因其需要Ca++、Zn++等金属离子作为辅助因子而得名，其家族成员具有相似的结构，一般由5个功能不同的结构域组成 :（1）疏水信号肽序列;（2）前肽区，主要作用是保持酶原的稳定。当该区域被外源性酶切断后，MMPs酶原被激活;（3）催化活性区，有锌离子结合位点，对酶催化作用的发挥至关重要;（4）富含脯氨酸的铰链区;（5）羧基末端区，与酶的底物特异性有关。其中酶催化活性区和前肽区具有高度保守性。MMPs成员上述结构的基础上各有特点。各种MMP间具有一定的底物特异性，但不是绝对的。同一种MMP可降解多种细胞外基质成份，而某一种细胞外基质成分又可被多种MMP降解，但不同酶的降解效率可不同。

MMPs几乎能降解ECM中的各种蛋白成分,破坏肿瘤细胞侵袭的组织学屏障，在肿瘤侵袭转移中起关键性作用，从而在肿瘤浸润转移中的作用日益受到重视，被认为是该过程中主要的蛋白水解酶。目前MMPs家族已分离鉴别出26个成员，编号分别为MMP1～26。根据作用底物以及片断同源性，将MMPs分为4类。

Ⅳ型胶原酶为其中重要的一类，它主要有两种形式，一种被糖化，分子量为92kD，命名为MMP-9;另一种非糖化，分子量为72kD，被称为MMP-2。当前对MMP-2，MMP-9的研究较深入。

MMP-2基因位于人类染色体16q21，由13个外显子和12个内含子所组成，结构基因总长度为27kb，与其他金属蛋白酶不同，MMP-2基因5’旁侧序列促进子区域含有2个GC盒而不是TATA盒。活化的MMP-2定位于细胞穿透基质的突出部位，估计其在酶解细胞间基质成分及基底膜的主要成分Ⅳ型胶原中有“钻头”的作用。

此外，已证实MMP-3 和MMP-10能作用于PG、LN、FN、Ⅲ型和Ⅳ型胶原及明胶。MMP-7能作用于明胶和FN。MMP-1的产生范围较广，可由基质纤维母细胞、巨噬细胞、内皮细胞、上皮细胞产生。正常情况下MMP-1阳性率很低，但在各种刺激下可高表达。有研究显示恶性肿瘤中MMP-1高表达与预后相关。

MMPs的活性受到三个水平的调节，即基因转录水平，无活性酶前体经蛋白水解作用而激活以及特异性抑制因子（TIMP）的作用。

三、结合自己掌握的知识，请分析肿瘤发生和转移可能与哪些基因相关，并请列举与四类肿瘤发生和转移相关的基因

1.结肠癌：上皮增生阶段与APC基因纯合子突变、FAP基因和MCC基因的突变或缺失有关；中期腺瘤阶段与K-RAS基因突变有关；晚期腺瘤阶段与DCC基因的丢失有关；腺癌阶段与P53基因的缺失有关；转移癌阶段与NM23基因的突变、血管生长因子基因表达增高有关。

2.视网膜母细胞瘤：发生与RB基因的突变或缺失有关。

3.白血病：由于细胞癌基因ABL发生染色体易位而产生异常基因BCR-ABL而发病。

4.肝癌： MTA1、c-myc蛋白水平的高表达和nm23蛋白水平的低表达与肝癌的侵袭、转移有关。

5. 食管癌：MMP-1、MMP-2、MMP-7、TIMP-1和MTA1 mRNA表达上调共同参与了哈萨克族食管癌的发生发展过程;MMP-2、MMP-7和MTA1可能是哈萨克族食管癌发生侵袭、转移的主导因素。

备注：基质金属蛋白酶1、2、7 (MMP-1、MMP-2、MMP-7)、基质金属蛋白酶抑制因子1(TIMP-1)和肿瘤转移相关基因1(MTA1)

6. 子宫内膜癌：缺氧诱导因子-1αt(HIF-1α)、肿瘤转移相关基因-1(MTA-1)的高表达与子宫内膜癌的发生密切相关。

7. 胃癌：MTA1蛋白水平高表达和PTEN,E-cadherin蛋白水平低表达可能与胃癌浸润和转移有关。

任选4个吧~

四、mmp触笔协议和n-trig的关系