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    用R分析数据(用r分析数据处理数据)

    发布时间:2023-04-13 10:06:54     稿源: 创意岭    阅读: 145        

    大家好!今天让创意岭的小编来大家介绍下关于用R分析数据的问题,以下是小编对此问题的归纳整理,让我们一起来看看吧。

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    本文目录:

    用R分析数据(用r分析数据处理数据)

    一、R为什么比Excel更适合做数据分析

    我从事数据分析工作已经有十年之久。最初是出于工作需要,我的经理给我一堆数据,我需要处理这些数据。当时我一直使用的工具是 Excel,因为这是我熟练掌握的一款工具。三年前,我开始接触到 R,一开始因为功能太多而坚决抵制使用。后来我开始琢磨如何使用。现在我基本不怎么使用 Excel 了。

    这只是我个人的观点,但是如果你要分析数据,R 更胜任这项任务。下面来说说为什么 R 更适合数据分析。

    R与Excel在数据分析当中的优劣势对比

    这两款工具的使用方法截然不同。使用 Excel 时,可以通过鼠标点击完成大部分工作,你可以访问界面内不同位置的各种工具。因此 Excel 非常便于使用(熟能生巧),但是用 Excel 处理数据非常费时,而且如果接手一个新项目,你必须单调地重复这些流程。使用 R 时,则通过代码完成所有操作。你把数据载入内存,然后运行脚本来研究并处理数据。这个工具可能不够人性化,但是有以下几点好处。

    我认为,从概念上来说,R 更便于使用。如果你在处理多列数据,虽然你只是在处理单个任务,但是却会看到所有的数据。而使用 R 时,数据都在内存中,只有调出数据才能看到。如果你在转换或计算,你会处理相关列或行的子集,其他所有数据都在后台。我觉得这样更便于关注手头的任务。完成任务后,可将其保存在某个数据帧中,其中只包含所需的列或行数据。你建立了正确的数据集,可解决当前的问题。这样做看似无关紧要,但实际上大受裨益。

    借助 R,就可以对其他数据集轻松重复相同的操作。因为所有数据都是通过代码进行处理和研究,因此对新的数据集执行相同的操作也就轻而易举了。使用 Excel 时,大多数操作都是通过鼠标点击实现,虽然用户体验不错,但对新的数据重复操作却非常费时而枯燥。而 R 只需载入新的数据集,然后再次运行脚本即可。

    实际上,用代码操作也便于诊断并共享你的分析结果。使用 Excel 时,大多数的分析结果都基于内存(数据透视表在这里,公式编辑器在另一个表格上等)。而在 R 中,通过代码执行所有操作,一目了然。如果你在修正一个错误,你很清楚在哪里操作,而如果你需要共享分析结果,只需复制粘贴代码即可。在线查找帮助时,你能准确说明所用数据,并提出具体的问题。事实上,大多数时候,你在线提问时,人们都是直接贴出准确的代码,来解决你的问题。

    R 中的项目组织更简单。在 Excel 中,我要准备一系列表格,可能还要准备多个工作簿,然后适当命名,而且各文件名不得重复。我的项目备注分别保存在各个文件中。我的 R 项目组织单独设有一个文件夹,我处理过的所有内容都放在其中。清理数据、探索性图表及模型。这样便于我理解和查找,也为与我一起工作的其他人提供方便。当然,Excel 也能做到井井有条。我觉得 R 的简洁性更便于使用。

    上述几点只能说是锦上添花,而并不是必不可少。在没有这些功能之前,我也用了好几年 Excel,你应该也一样。现在,我想讲讲 R 和 Excel 真正的区别。我想说的是,除了以上那些花哨的小优势之外,R 更适合用于数据分析。原因如下。

    你可以把任何数据载入 R。数据的保存位置或保存形式并不重要。你可以载入 CSV 文件,也可以读取 JSON,或者执行 SQL 查询,抑或提取网站。你甚至还可以在 R 中通过 Hadoop 处理大数据。

    R 是一个完整的工具集,使用的是数据包。在分析数据时,R 比 Excel 更实用。你可使用 R 执行数据管理、分类和回归,也可以处理图片,并执行其他所有操作。如果机器学习是你的专业,那能想到的任何算法都是小菜一碟。目前,R 可用的数据包逾 5,000 个,因此无论你要处理什么类型的数据,R 都能应付自如。

    R 的数据可视化效果非常卓越。说句实话,Excel 的图表非常出色,简单易懂。但 R 的效果更好。我觉得这是 R 最实用的功能之一。借助 ggplot2,你可以快速创建所需的各种图表,并根据图表形状自行调整。在你熟悉了如何用 ggplot2 创建一个图表后,任何其他图表都不在话下。ggplot2 还能制作更多类型的图表。你能用 Excel 创建散点图矩阵吗?用 R 就能轻松创建这种矩阵,CDF plot 也是如此。Excel 棋差一招。

    Git 版本控制。我一向习惯保存多个版本的分析结果。Git 是至今为止我找到的最好用的工具。我使用 RStudio 作为编辑器,其支持项目。创建一个项目仓库,然后你就能跟踪数据研究的不同版本。你可以创建不同版本的 Excel 文件,但是这些保存的二进制文件无法显示相互之间的更改部分。而 R 非常简单。

    我已经说了很多理由。总之,Excel 是一款不错的数据分析工具。我相信它能不负众望完成所有任务。但是,如果你只有这一款工具,则会大大影响你的工作效率。相比之下,R 更好用,而且提供的工具集模块更完整。而缺点在于不是非常易于上手,用户一开始相对要花很多时间学习使用。如果坚持下去,就会有所收获,不仅对数据更了解,还提高了自己的能力。

    二、数据分析用r还是python

    使用Python:

    Python最初是作为用于软件开发的编程语言开发的(后来添加了数据分析工具),因此具有计算机科学或软件开发背景的人们可能会更舒适地使用它。

    因此,从其他流行的编程语言(例如Java或C ++)到Python的过渡比从那些语言到R的过渡容易。

    使用R:

    R有一组称为Tidyverse的软件包,这些软件包提供了功能强大但易于学习的工具,用于导入,操作,可视化和报告数据。使用这些工具,没有任何编程或数据分析经验(至少是轶事)的人可以比Python更快地提高生产力。

    总体而言,如果我们或我们的员工没有数据分析或编程背景,R可能更有意义。

    用R分析数据(用r分析数据处理数据)

    三、用R语言对vcf文件进行数据挖掘.11 CNV分析

    目录

    在之前的文章里介绍了如何通过直方图来可视化等位杂合碱基的比例来判断物种的染色体倍数性。在本文里会继续向下挖掘,介绍如何可视化染色体上的拷贝数变化(CNVs)。

    和前文一样的操作,使用包自带的数据。

    我们需要去除过高和过低深度的数据。和前文的操作一样,提取vcf文件里的深度数据"AD"。

    然后过滤出10%~90%的数据,当然此处可以根据实际情况进行微调。然后对第一种出现频率最高的碱基进行可视化。(一般情况下一个位点上会有两种碱基,具体参考前文。)

    同样也可以对出现频率第二高的碱基进行同样的操作,这里节约篇幅就省略了。

    为了避免复杂的基于AD比例的模型假设,程序里设计了非参数估计法来计算峰值。计算完了以后可以直接对染色体进行拆分以后可视化进行校验。

    根据尺寸把染色体分割成合适的大小

    然后用 freq_peak 函数计算峰值。并对数据进行处理,去掉负数和Na值。

    计算到此为止,可以可视化实际数据来验证计算的正确性。

    仔细想一下,峰值计算的结果其实就是CNV的结果。这里根据窗口大小把染色体分成了若干段。(那么是不是可以给每一段 CDS进行细分然后计算出每一个CDS的具体数字呢????)

    当然也可以把所有样本组合到一起。

    四、如何用r语言分析两个变量是否有影响

    对于用r语言分析两个变量是否有影响,就是用r语言来分析两个变量之间的关系,这个问题相对专业,很难解释,就大概说一下分析过程以供参考。

    1、想要分析数据,首先要读取数据;

    2、把数据做成直观图示,再进行两者之间的统计量分析;

    3、用r语言计算两个变量的相关系数函数;

    4、进行假设、验证,最终得出两个变量之间的关系,看两者是否有影响。

    以上就是关于用R分析数据相关问题的回答。希望能帮到你,如有更多相关问题,您也可以联系我们的客服进行咨询,客服也会为您讲解更多精彩的知识和内容。


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